Etter en periode med normal drift, er membran elementet forurenset av suspendert stoff eller ildfast stoffer som kan finnes i fôr vann. I standard forhold av redusert med 10%, eller åpenbart forekomsten av skalering eller begroing, burde det være omgående renset. Regelmessig utføre vann skyll og kjemiske dosering for å gjenopprette ytelsen til membran elementet og forlenge levetiden til membran elementet.
Systemet skal rense systemet hver 5 dager i løpet av kort sikt, og lukke ventilen etter tømming for å forhindre tilstopping.
Systemet langvarig strømbrudd (mer enn 30 dager), legge til 1% natrium bisulfite løsning å unngå bakterievekst.